Предшественником Никона на новгородской кафедре был митрополит Аффоний (1635–1649), 7 января 1649 г. по старости и слабости здоровья удалившийся на покой в Хутынский монастырь. (В 1643 г. митрополит Аффоний посвящал Никона в игумена Кожеозерского монастыря.) Поставление Никона на первую по своему значению митрополию Русской церкви состоялось по инициативе царя Алексея Михайловича, обратившего внимание на Никона еще в 1646 г., когда тот в сане кожеозерского игумена приезжал в Москву, а позже сделавшего его настоятелем Новоспасского монастыря, где находилась родовая усыпальница бояр Романовых. 11 марта 1649 г. Никон был посвящен в митрополита Новгородского и Великолуцкого патриархом Иосифом в сослужении митрополитов Варлаама Ростовского и Серапиона Сарского, архиепископов Маркелла Вологодского, Моисея Рязанского и Ионы Тверского и епископа Рафаила Коломенского.